WebP puede guardar un canal alpha igual que PNG. JPEG no. Cualquier conversor que escriba JPEG tiene que elegir un fondo.
Esta herramienta rellena el lienzo con el color de fondo y dibuja el WebP encima. Los píxeles semitransparentes se mezclan con ese color. Los totalmente transparentes se vuelven el fondo.
Cuándo usar PNG en su lugar
Logos, iconos, stickers y cromo de interfaz deben seguir en PNG (véase webp-png.com) para que los agujeros del damero sigan siendo agujeros. Aplanar a JPEG es para fotos, escaneos y capturas que se imprimirán o se meterán en Word.
¿Damero?
No metemos un damero en el JPEG: ese patrón solo es una vista previa en los editores. Obtienes un campo sólido blanco o negro.